Untuk itu berikut Misi Program Studi Teknik Lingkungan Itenas dalam menyelenggarakan pembelajaran di Lingkungan Prodi,

1. Menyelenggarakan pendidikan yang menghasilkan sarjana teknik yang ahli dalam bidang teknologi pengolahan serta pengelolaan air dan limbah,
2. Mengembangkan teknologi pengolahan serta pengelolaan air dan limbah berbasis resources recovery sehingga bisa berkontribusi dalam pembangunan berkelanjutan,
3. Meningkatkan kapasistas masyarakat dalam bidang pengelolaan air dan limbah sehingga bisa bekerja sama dalam pembangunan berkelanjutan, dan
4. Berkontribusi aktif dalam forum ilmiah, asosisasi profesi, pemerintahan dan industri secara nasional dan Internasional.